昔はアニメ絵じゃなくてポンチ絵と言ってたですよ。
手塚がそう言われてキレて「ボクも劇画かけるもん！」とかやって大いに焼けてたハズ。
閑話休題。

この問題の根っこは、絵にあるわけじゃないんだと思うですよ。
アニメ絵が嫌いという言説を出す奴が、イースが嫌いとか天外魔境が駄目とか言ってた記憶って自分にはないですよ。実際にはあるのかな？
絵と話だけ付けてゲーム性はウンコなゲームがたくさんあった時期がポイントなんじゃないでしょうか。コズミックファンタジーとか。あとエロゲーに選択肢とパラメータ分岐以外のゲーム性があると微妙に普通じゃない人にビックリされるところとか。ここで最近のＦＦと重なるの。
つか、アニメ絵が云々って言ってた人ってごく一部な気がするんですけども。
少なくとも周囲のゲームをやる人間の間でそういう話題が出ることもなし。
例に出てたオブリのPC版は日本のテクスチャ系MODも海外で人気だし、面白ければビジュアルなんぞどうでもいいんだと思います。会社の上司は延々と『グラフでボクシング』やってるし。僕は僕で『DungeonCrawl』だし。そんな二人のブームはゲーセンで『ガンダムvsガンダム』でタッグを組むことだったり。
「アニメ絵が！」って人は、ミソジニー的に「これだから○○は駄目だ」って言ってるんじゃないですかね。スイーツ（笑）的な。
あー、でもWizが元と違うっつーかログインのアドバンストなTRPGは黒歴史とか、洋ゲーのパケの女キャラの頬骨が日本語版ではレスポンスで消されてたとかに憤ってアニオタ攻撃に走る気持ちはわかる。日本のアニメの登場人物が海外版では名前が変わっていたのに違和感があるみたいな。
まあそんな感じで。

どもです。
ＰＳ版（だったか）のトゥームレイダーのジャケ絵が豪快に萌え絵化してて吹いた覚えがあります。確かレイラ・クロフトとか言ってたんだよなー。
まあゲームにしろなんにしろ、基本的には文化的に馴染んだビジュアルがくっついてくるのは当然なわけで、そこへ持ってきて勃興期のゲームがそれほど出来がいいわけもなく、そのあたりの組み合わせで、デキの悪い国産ゲーム自体への揶揄として象徴であるアニメ絵が一種の罵倒として用いられた、てあたりなのかなあ、などと思います。
ＦＦに関して言えばあれはRPGとかなじゃくて、もうFFってジャンルのゲームですね。ゲーム性を全部キャラのカスタマイズに振ってる、ていうある意味すげえピーキーなデザインだと思うんですがどうでしょうかね。

　自分も、いわゆる萌え絵方面のセンサーアンテナが不良品で、その良し悪しが
わからない人なので、なんとなく気持ちはわからないでもないです。
　わかりやすいところで、ガンダムにたとえるとモビルスーツのバリエーションとか、
ぜんぜん簡単に覚えれて、その微妙な違いで燃えれるわけですが、
　そんな差異はロボ興味ない人には全然わからないわけで。
　理解できないものは理解できないものとしてとっとけばいいんですが、
自分が好きだったジャンルがわけのわからないものに駆逐されていくと、色々と
物悲しい思いをしてるという。

それはバンダイのMS少女のプラモのデキがあまりにも物悲しかったとかそういう話でしょうか（全然違います）。こいでたくのZちゃんのフィギュアどっかで出してくれないだろうか。

まあ要は上手く住み分けられればいいんだろうなとは思うんですが、市場性というヤツがどうしてもジャマするんですよねえ。いろいろと世知辛いです。