萌えキャラとしての眼鏡キャラを大雑把に分類するとこんな風になると思う。
実際はいくつかのタイプが複合していたり、というケースもアリなんで厳密に分けられるというものでもないけど一応の目安として。

　１：文化部女子
　　優等生・引っ込み思案・読書、あるいはそれに類するインドア趣味・しばしば病弱
　　仲本静（卒業） 如月未緒（ときめきメモリアル） 鞠絵（シスタープリンセス）
　２：委員長
　　１の派生だが、引っ込み思案ではなく口うるさく謹厳実直・神経質・ツンデレ傾向
　　保科智子（To Heart） 尾田島淳子（がうがうわー太）
　３：オタク
　　文字通りのオタ、あるいはマッドサイエンティスト。
　　自分自身に高いプライドを持っている場合多し。
　　例：李紅蘭（サクラ大戦）猪名川由宇（こみっくパーティ）読子リードマン（R.O.D）
　４：年上
　　先生・お姉さん・人妻・未亡人・母性的なタイプと厳格なタイプあり
　　例：芹沢よし子（同級生）風見みずほ（おねがい☆ティーチャー）
さらに、萌えキャラとしての「眼鏡っ娘」から若干外れたパターンとして
　５：ファニーフェイス
　　眼鏡をキャラ付けではなく外見的なフレーバーとして使ってるタイプ。
　　モブあるいはサブ、またはそこから昇格したキャラにみられる場合が多い
　　例：水原暦（あずまんが大王）

これらのキャラの特徴というのは、実は元々眼鏡キャラ（女子に限らず）が持っていたネガティブイメージの反転である。
　１・２→ガリ勉・優等生・成績はいいが真面目で融通が効かない・運痴
　３→いわゆる「ハカセ」
　４→ハイミス・おばさん・お母さん
さらに眼鏡女子自体が元々ティピカルな「不美人」として描かれる場合が多い（これは５に継承されている、ともいえる）。

このネガティヴなキャラクターパターンからの発生形というのは他の萌えキャラパターン、例えば「幼馴染」「妹」「ツンデレ」などには見られない特色であるといえる。
ツンデレは「イヤミなお嬢」の発展とも考えられるが。それでも外見的には「派手目な美人」な場合がほとんどなので、そういう意味ではやはり眼鏡キャラは特異。

上に挙げたパターンでいうと、１の場合はコンプレックス、２の場合は内省的な性格、３の場合は行動の優先順位、４の場合は年令・社会的な差異といった部分で自らの恋愛感情を抑制している（あるいは顕在させていない）キャラクターである場合が大半である。
物語の主人公（妄想含む・仮にここでは『プレイヤー』と総称しておく）として彼女らに関わる場合、プレイヤーはこれらの抑制要因を容認し、恋愛感情を顕在化させることで彼女らと結ばれるという展開を取る。
そして、その場合プレイヤーは主体的に相手側の内面や物語に踏み込んでいく必要がある。
　シナリオ例１：
　 『シスター・プリンセス２』の鞠絵シナリオでは、他の妹たちが海水浴に行くのに一人だけ病気のために同行できない鞠絵の元に主人公はあえて向かう。
　シナリオ例：２
　『こみっくパーティ』の由宇シナリオでは、主人公は由宇と拮抗できる技術力を得、そして同好の士として活動をできるようになって、はじめて彼女の内面に入り込み、恋愛対象として認識されるようになる。

単純な二分法で分類してしまえば、能動的・S的・攻撃的・男性原理に基づいた物語である、といえるだろう。
これは基本的に受身をもって旨とするオタの萌えカルチャーの中ではかなり異色、はっきり言うと基本的に相容れない構造である、ともいえる。参考→好きな子」がいないのは正しい−白馬の王女様−（ARTIFACT@ハテナ系）

また、現在の萌えシーンのコアである美少女アドベンチャーにおける技術論としてみた場合も、どうしても専用ルートが必要になってしまいがちで、ヒロインとしては扱いが難しいのではないか（要検証）。
逆に単一の物語として語られるマンガやアニメの方がメインキャラとしての活躍の場は多い（R.O.D／がうがうわー太）。

これらのことから考えていくと、萌えキャラとしての眼鏡っ娘はあくまで二番手以降の傍系に留まらざるを得ないだろう。逆に、萌えキャラのメインストリームとして上がってくる（現状のツンデレのように）きた時というのは、それはオタク自体が（特にセクシュアリティの面で）質的に変化した時ではなかろうか。